Progtwig C: error al leer e imprimir una columna en particular desde un archivo de texto

Quiero imprimir la columna 6 de un archivo de texto “1PGB.pdb” en un archivo de salida “out”. Lo siguiente es mi código:

#include  #include  /* For exit() function*/ #define ROW 500 #define COL 12 int main() { int n6, garbage; FILE *fp; FILE *op = fopen("out", "w"); int score[ROW][COL]; int row, col, item, i, j; if ((fp=fopen("1PGB.pdb","r"))==NULL) { printf("Error! opening file"); exit(1); /* Program exits if file pointer returns NULL. */ } for(row=0; row<ROW; row++) { col=5; fscanf(fp, "%d", &score[row][col]); fprintf(op, "%d", score[row][col]); fclose(fp); fclose(op); } return 0; } 

Da el siguiente error.

Error en `./Código 1 ‘: doble libre o dañado (out): 0x0000000000cde250 *** Anulado (núcleo volcado)

Las primeras líneas del archivo 1PGB.pdb son:

 ATOM 1 N MET A 1 12.969 18.506 30.954 1.00 15.93 N ATOM 2 CA MET A 1 13.935 18.529 29.843 1.00 17.40 C ATOM 3 C MET A 1 13.138 18.692 28.517 1.00 14.65 C ATOM 4 O MET A 1 12.007 18.222 28.397 1.00 13.04 O ATOM 5 CB MET A 1 14.733 17.216 29.882 1.00 20.72 C ATOM 6 CG MET A 1 15.742 16.983 28.738 1.00 23.81 C ATOM 7 SD MET A 1 17.378 17.025 29.359 1.00 28.11 S ATOM 8 CE MET A 1 17.166 16.055 30.819 1.00 27.51 C ATOM 9 N THR A 2 13.719 19.413 27.573 1.00 12.63 N ATOM 10 CA THR A 2 13.088 19.661 26.283 1.00 12.68 C ATOM 11 C THR A 2 13.561 18.631 25.300 1.00 12.02 C ATOM 12 O THR A 2 14.763 18.432 25.121 1.00 13.07 O ATOM 13 CB THR A 2 13.527 20.980 25.667 1.00 14.62 C 

Esto parece un enfoque bueno y simple:

 #include  #include  int main() { char line[1000]; int n6; FILE *fp = fopen("1PGB.pdb", "r"); FILE *op = fopen("out", "w"); if (fp == NULL || op == NULL) { fprintf(stderr, "Error opening file."); exit(1); } while (fgets(line, sizeof(line), fp) != 0) { /* Use "%*s" to skip a word when using scanf. */ sscanf(line, "%*s %*s %*s %*s %*s %d", &n6); fprintf(op, "%d\n", n6); } return 0; }